Z sieci obszarów Natura 2000 w zasięgu Nadleśnictwa Olsztynek znajdują się cztery obiekty (lub ich fragmenty): część obszaru objętego ochroną w ramach Dyrektywy Ptasiej (OSOP), a mianowicie PLB280007 – Puszcza Napiwodzko-Ramucka – o powierzchni 116 604,69 ha (fragment w zasięgu nadleśnictwa obejmuje powierzchnię 5 297,58 ha, w tym na gruntach będących w zarządzie Nadleśnictwa Olsztynek 3453,57 ha ) oraz 3 obszary objęte ochroną w ramach Dyrektywy Siedliskowej PLH280001 – Dolina Drwęcy – 12 561,50 ha (fragment w zasięgu nadleśnictwa obejmuje powierzchnię 1 534,49 ha, w tym na gruntach będących w zarządzie Nadleśnictwa Olsztynek 765,69 ha), PLH280043 – Ostoja Dylewskie Wzgórza – 3 430,62 ha (w całości położony w zasięgu nadleśnictwa, w tym na gruntach będących w zarządzie Nadleśnictwa Olsztynek 2397,25 ha) i PLH280052 – Ostoja Napiwodzko-Ramucka – 32 612,78 ha (fragment w zasięgu nadleśnictwa obejmuje powierzchnię 3 573,40 ha, w tym na gruntach będących w zarządzie Nadleśnictwa Olsztynek 2053,52 ha).

PLB280007 Puszcza Napiwodzko-Ramucka

Obszar specjalnej ochrony ptaków (OSOP) zajmuje powierzchnię 116 604,69 ha, w tym w zasięgu administracyjnym Nadleśnictwa Olsztynek 5 297,58 ha, a pod zarządem nadleśnictwa 3453,57 ha. Rzeźba terenu jest bardzo urozmaicona – różnice w wysokości dochodzą nawet do 70 m, a najwyższe wzniesienia sięgają 220 m n.p.m. Elementem charakterystycznym obszaru jest duża lesistość (ok. 75%) oraz duża liczba jezior. W puszczy dominują siedliska borowe, głównie boru świeżego. Na niżej położonych terenach występują bory mieszane, na torfowiskach bór bagienny oraz sosnowy bór wilgotny. Na najsuchszych wzniesieniach występują bory chrobotkowe. Zbiorowiska lasów liściastych to nielicznie występujące grądy, olsy, łęgi i zarośla łozowe. Obszar jest miejscem występowania 152 gatunków lęgowych, w tym 34 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 12 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt. Największą grupę tworzą ptaki związane z lasami - 59 gatunków, następnie z terenami wodno-błotnymi - 40 gatunków, z terenami otwartymi 30 gatunków). Jest to jedna z dwóch największych ostoi rybołowa. Występują tutaj także liczne populacje lelka (19% populacji krajowej), łabędzia krzykliwego (11% populacji krajowej), muchołówki małej i białoszyjej (po 5% populacji krajowej), włochatki (4% populacji krajowej) i kani czarnej (3% populacji krajowej). Obszar ten jest też ważnym miejscem zatrzymywania się przelotnych żurawi (4-5 noclegowisk skupiających do 2500 ptaków). Celem powołania obszaru jest ochrona ostoi ptasiej o randze europejskiej.

Zagrożenia według Standardowego Formularza Danych:

- presja turystyczno – rekreacyjna, w tym presja osadnicza,

- naturalna sukcesja roślinności,

- zanieczyszczenia i eutrofizacja wód.

PLH280001 Dolina Drwęcy

Specjalny obszar ochrony siedlisk (SOOS) o powierzchni 12 561,50 ha, w zasięgu Nadleśnictwa Olsztynek zajmuje 1 534,49 ha, w tym na gruntach pod zarządem nadleśnictwa 765,69 ha. Jako Obszar o Znaczeniu Wspólnotowym (OZW) został zatwierdzony już w 2004. Aktualnie zajmuje powierzchnię 12 515,00 ha, w tym w województwie warmińsko - mazurskim (powiaty: iławski, nowomiejski, olsztyński, ostródzki) - 9651,88 ha. W 2009 roku do Komisji Europejskiej zgłoszono propozycje korekty granic. Obszar stanowi cenny zasób zróżnicowanych siedlisk dla rzadkich gatunków zwierząt związanych z środowiskiem wodnym i objętych ochroną. Stwierdzono tu występowanie 27 gatunków z Załącznika II DS, w tym 8 gatunków ryb: minóg strumieniowy (Lampetra planen), jesiotr bałtycki (Acipenser oxyrhynchus), boleń (Aspius aspius), różanka (Rodeus sariceus), koza (Cobitis taenia), piskorz (Misgurnus fossilis), głowacz białopłetwy (Cattus gobio). Do największych wartości tego obszaru należy również duża ilość siedlisk związanych z doliną rzeczną, wśród których znajdują się między innymi: nizinne i podgórskie rzeki ze zbiorowiskami włosieniczników, niżowe, nadrzeczne zbiorowiska okrajkowe, starorzecza, świeże niżowe łąki użytkowane ekstensywnie, łęgi olszowo-jesionowe. Ponadto występują tu siedliska związane z krajobrazem pojeziernym, które mają wpływ na warunki hydrologiczne i mikroklimatyczne obszaru: brzegi lub osuszone dna zbiorników wodnych ze zbiorowiskami z Littorelletea, Isoëto-Nanojuncetea, naturalne dystroficzne zbiorniki wodne, naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z Nymphaeion, Potamion, torfowiska wysokie z roślinnością torfotwórczą, torfowiska wysokie zdegradowane, zdolne do naturalnej i stymulowanej sukcesji oraz torfowiska przejściowe i trzęsawiska. Niewielki udział w powierzchni ogólnej mają także siedliska marginalne, tj. wydmy śródlądowe z murawami napiaskowymi.

Zagrożenia według standardowego formularza danych:

- zanieczyszczenia wód,

- zmiany stosunków wodnych,

- zaniechanie użytkowania rolniczego terenu,

- niekontrolowana turystyka i kłusownictwo.

PLH280043 Ostoja Dylewskie Wzgórza

Specjalny obszar ochrony siedlisk (SOOS) o powierzchni 3 430,62 ha w całości położony jest w zasięgu Nadleśnictwa Olsztynek, w tym pod zarządem nadleśnictwa znajduje się 2397,25 ha. Obszar obejmuje najbardziej wartościowe kompleksy Parku Krajobrazowego Wzgórz Dylewskich. Są to stosunkowo najmniej przekształcone lasy liściaste, przede wszystkim buczyny porastające część Wzgórz Dylewskich charakteryzujących się wyjątkowo dynamiczną w tym miejscu budową morfologiczną. Najwyższe wzniesienie - Góra Dylewska położona przy zachodnim skraju uroczyska Dylewo osiąga wysokość 312,2 m n.p.m. W pobliżu miejscowości Wysoka Wieś położone są jeszcze dwa inne wzniesienia, które niewiele ustępują wysokością Górze Dylewskiej. Na stromych stokach niektórych wzgórz zachowały się unikalne zbiorowiska grądu zboczowego. Charakterystyczne dla tego obszaru są też rozsiane wśród lasów i pól głazy narzutowe, miejscami tworzące większe skupienia w postaci głazowisk. Na łagodnych zboczach i dnach wąwozów powstały rumowiska skalne, które jeszcze do niedawna były eksploatowane. Teren urozmaicony jest powstałymi w okresie polodowcowym licznymi rynnami i wąwozami. Obszar Wzgórz Dylewskich położony jest w dorzeczu Drwęcy stanowiąc dla niej jednocześnie węzeł wodny. Sieć wodną tworzą liczne rzeczki i strumienie oraz lokalne cieki, które wypływają promieniście z różnych partii kulminacyjnych Wzgórz Dylewskich.

W zasięgu PLH280043 stwierdzono występowanie 11 siedlisk leśnych z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej i 6 gatunków zwierząt z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej. Obszar Wzgórz Dylewskich wyróżnia się przede wszystkim dużym udziałem dobrze zachowanej żyznej buczyny niżowej (9130), znacznym udziałem lasów grądowych również znajdujących się w dobrym stanie zachowania oraz wybitnymi walorami budowy morfologicznej. Ponadto na uwagę i ochronę zasługują źródliska rzeki Gizeli wraz z kompleksem źródliskowych lasów olszowych koło wsi Glaznoty.

Zagrożenia według Standardowego Formularza Danych:

1. Związane z gospodarką leśną (mogące występować w zakresie):

- wprowadzanie do drzewostanów gospodarczych gatunków obcych (Quercus

rubra, Larix decidua) oraz zbyt dużej ilości świerka,

- wprowadzanie w ramach tzw. różnorodności biologicznej gatunków liściastych na

siedliskach żyznej buczyny niżowej,

- prowadzenia wielkopowierzchniowych rębni zaporowych;

2. Melioracje odwadniające śródleśnych i śródpolnych oczek wodnych;

3. Regulacja biegu i budowa jakichkolwiek urządzeń piętrzących na rzece Gizeli;

4. Budowa stawów rybnych na obszarze źródliskowym rzeki Gizeli (w okolicy

wsi Glaznoty i Wygoda).

PLH280052 Ostoja Napiwodzko-Ramucka

Specjalny obszar ochrony siedlisk (SOOS) o powierzchni 32 612,78 ha, w zasięgu Nadleśnictwa Olsztynek zajmuje 3 573,40 ha, w tym pod zarządem nadleśnictwa 2053,52 ha. Obszar obejmuje znaczną część Puszczy Napiwodzko-Ramuckiej. Ostatnie zlodowacenie wywarło silny wpływ na bardzo urozmaiconą rzeźbę terenu. Zachodzą tutaj unikalne w skali kraju procesy suffozyjne. Ich efektem są leje suffozyjne występujące w okolicach Nidzicy. Grądy i łęgi o charakterze zbliżonym do naturalnego zachowały się jedynie w postaci niewielkich płatów. Teren urozmaicają liczne jeziora oraz torfowiska. Przez obszar ostoi przepływają największe rzeki regionu: Omulew i Łyna.

Celem powołania obszaru jest ochrona stwierdzonych na obszarze 24 siedlisk przyrodniczych z Załącznika I oraz 3 gatunków roślin i 15 gatunków zwierząt z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej. Obszar wyróżnia się dobrym stanem

zachowania jezior i ekosystemów torfowiskowych, dużym udziałem lasów liściastych,

występowaniem zbiorowiska świetlistej dąbrowy, a także bogactwem rzadkich gatunków fauny, a szczególnie wilka i żółwia błotnego.

Zagrożenia według Standardowego Formularza Danych:

Ponad 70% Ostoi Napiwodzko-Ramuckiej stanowią obszary leśne. Nie przewiduje się większych zagrożeń z tytułu prowadzenia gospodarki leśnej poza zagrożeniami potencjalnymi takimi jak:

- wprowadzanie do drzewostanów gospodarczych gatunków obcych oraz sosny,

- eksploatacja gospodarcza borów bagiennych i brzeziny bagiennej,

- przeprowadzanie zrębów zupełnych.

W przypadku zbiorowisk nieleśnych głównymi zagrożeniami są:

- spontaniczna sukcesja brzozy i olchy na wszystkich typach torfowisk,

- melioracje odwadniające,

- nieprawidłowo przeprowadzone prace hydrotechniczne w ramach programów  

  retencjonowania wody.

Głównymi zagrożeniami na siedliskach jezior i rzek są:

- wahania poziomu wód powierzchniowych,

- pogarszające się właściwości fizykochemiczne wody,

- niekontrolowany wzrost ruchu turystycznego i rekreacyjnego,

- regulacja biegu rzek i ich zabudowa hydrotechniczna, zabudowa rekreacyjna  

  i mieszkaniowa brzegów rzek i jezior,

- kłusownictwo.

Siedliskom murawowym i łąkowym zagrażają:

- spontaniczna sukcesja roślinności drzewiastej,

- zaniechanie użytkowania pasterskiego lub kośnego,

- celowe zalesianie w ramach PROW,

- zabudowa mieszkaniowa.

Największe zagrożenie dla ryb stanowią:

- brak drożności rzek w wyniku ich hydrotechnicznej zabudowy, co uniemożliwia

  dotarcie do tarlisk,

- regulacje cieków (likwidacja meandrów, zakolisk, zwalisk, wybieranie kruszywa),

  które prowadzą do likwidacji tarlisk i miejsc przebywania stadiów larwalnych,

- zanieczyszczenia wód.

Dla gatunków zwierząt lądowych związanych w rożnych okresach życia ze środowiskiem wodnym zagrożeniem są:

- zanik miejsc odpowiednich do rozrodu: osuszanie mokradeł, likwidacja starorzeczy  

  i regulacja rzek, zasypywanie lub zanieczyszczanie niewielkich zbiorników  

  wodnych, sypanie wałów ograniczających okresowe wylewy,  zasypywanie małych  

  przydomowych sadzawek,

- fragmentacja krajobrazu i powstawanie barier utrudniających lub 

  uniemożliwiających dyspersję osobników i kolonizowanie nowych zbiorników,

- w przypadku wydry i bobra także: ubożenie bazy pokarmowej, kłusownictwo,

  bariery migracyjne,

- w przypadku kumaka nizinnego i traszki grzebieniastej także zarybianie

  drobnych zbiorników wodnych,

- w przypadku żółwia błotnego: zalesianie położonych w pobliżu zbiorników wodnych  

  nieużytków, na których składa jaja, odłowy osobników do prywatnych hodowli,  

  wędkarstwo, kłusownictwo.

Wilkowi zagrażają:

- fragmentacja środowisk, bariery migracyjne i izolacja subpopulacji,

- konflikty z rolnikami na skutek zabijania przez wilki zwierząt hodowlanych,

  kłusownictwo (nielegalne odstrzały i wnyki zastawiane na sarny i dziki),

- wzrost penetracji lasów przez ludzi i rozwój turystyki w miejscach szczególnie

  ważnych dla bytowania i rozrodu.